目前，生殖器疱疹的治疗主要采用口服抗病毒药物、干扰素、物理治疗等方法，其中干扰素治疗是最普遍使用的方法。这些药物主要是通过抑制病毒的复制，控制病情的发展，还不能彻底杀灭和清除病毒，停药会出现复发;长期用药会导致产生耐药，使后续治疗更加困难。本病有自限性，约1-2周即可自愈。治疗的目的是防止下次复发。本病需要把体内病毒彻底清除,以达到根治目的。
1.局部疗法：原则为干燥、收敛、保护患部，防止继发感染。可外涂2%龙胆紫溶液，或选用10%次没食子酸铋(代马妥dermatol)、氧化锌油膏或 泥膏、紫草生地榆油膏、0.5%新霉素软膏、或0.25%~0.1%疱疹净(IDU)软膏、5%疱疹净二甲基亚砜溶液(用于皮肤疱疹)等。对颜面部者亦可 用10%醋酸铝或锌铜合剂。
2.全身治疗：治疗原则其一使感染的HSV不能活化，甚至消灭病毒;其二调节免疫，防止再发，可用阿昔洛韦静滴或口服，丽珠威口服，干扰素肌注，白细胞介素Ⅱ肌注。我们在治疗复发性生殖器疱疹时，使用四医大生物技术中心产的干扰素300万单位肌注，每日一次，10次为一疗程，共三个疗程，适当配合使用白细胞介素Ⅱ或利百多或灵杆菌素，95%的病人不复发(详情请登录http://www.bjchmnw.com 咨询)。
北京长虹医院治疗尖锐湿疣采用国际最新治疗高科技项目863高端技术生物疗法已经取得国家权威部门认可和临床验证。作用机理：取患者自身感染疣体或者感染脱落细胞，运用基因、免疫工程进行人工干预的方式让其产生抗体，把这种具有杀灭病毒能力的免疫血清蛋白抗体再提取出来通过灭菌后注射患者体内，这种免疫蛋白抗体本身是利用患者自身感染组织提取出来的和患者本人染色体和DNA是一致的，避免了排异反应，直接激活自身形成这种清除病毒抗体，达到彻底彻底根治目的。根治率已经达到100%。
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