在跑步20分钟以内，提供运动能量的主要是体内贮存的糖原，特别是肌糖原和肝糖原，因为糖在有氧条件下能分解为二氧化碳和水，释放出大量的能量。跑步20分钟以后，糖原大部分被耗尽，供能的主要来源转变为体内的脂肪。脂肪被动用时先分解为甘油和脂肪酸，甘油可直接氧化供能，而脂肪酸则变为乙酰辅酶A，再经过代谢，一部分转变为糖以提供能量。由于脂肪供能需氧量多，因而在跑步强度达到缺氧程度时，就不能靠氧化脂肪来提供能量。
需要说明的是，在长跑的第1个月里，因食欲增加体重会稍有上升，但第2个月体重就会很快下降了。若停止跑步运动，应逐日递减运动量和运动时间，以免引起“反跳性肥胖”。